El establecimiento de plenas relaciones diplomáticas entre Israel y la Santa Sede (por virtud del Acuerdo Fundamental firmado en Jerusalén en diciembre de 1993) puede ser considerado como un gran paso en el histórico proceso de cambio de las actitudes de la Iglesia Católica hacia el judaísmo y el pueblo judío, iniciado públicamente por la declaración Nostra Aetate, fruto del Concilio Vaticano II de 1965.

En ese Acuerdo Fundamental, Israel y la Santa Sede destacan la "naturaleza singular de las relaciones entre la Iglesia Católica y el pueblo judío..." y se comprometen a una "adecuada cooperación en la lucha contra todas las formas de antisemitismo y toda clase de racismo e intolerancia religiosa, y a promover el entendimiento mutuo entre las naciones, tolerancia entre comunidades y respeto por la vida y la dignidad humanas", así como a "la resolución pacífica de conflictos entre estados y naciones, con exclusión de la violencia y el terrorismo de la vida internacional". Otras obligaciones se refieren al régimen de “statu quo” imperante sobre los Santos Lugares cristianos, cuestiones relacionadas con la libertad de culto, la peregrinación a Tierra Santa, etc.

En noviembre de 1997 se firmó en Jerusalén un acuerdo en el que se define el estatus de la Iglesia Católica en Israel y su jerarquía conforme a la legislación israelí. Ese acuerdo marca el primer reconocimiento “de iure” de la Iglesia Católica por parte de un gobierno en Tierra Santa.

En marzo de 2000, el Papa Juan Pablo II vino a Israel en una peregrinación personal a los Santos Lugares, y fue recibido por el Presidente Ezer Weizman y el Primer Ministro Ehud Barak. El programa de la visita incluyó acontecimientos como reuniones con los Grandes Rabinos de Israel y visitas a Yad Vashem y al Muro de las Lamentaciones. La visita puso de relieve el proceso continuo de entendimiento entre el judaísmo y la Iglesia Católica.

El Papa Benedicto XVI visitó Israel en mayo de 2009 en una peregrinación a Tierra Santa, que marca una etapa importante en el desarrollo de las relaciones entre el Vaticano e Israel. La visita sirvió para fortalecer el diálogo entre el cristianismo, el judaísmo y el islam, como parte del esfuerzo para lograr la paz en la región.